Zdrowe zioła
Naturalne sposoby na codzienne zdrowie

Mutacje BRCA1 w linii germańskiej u kobiet żydowskich i nieżydowskich z rakiem piersi o wczesnym początku czesc 4

Posted in Uncategorized  by admin
July 1st, 2019

Zastosowanie niesklonowanych produktów PCR umożliwiło analizę obu alleli w jednej reakcji i zminimalizowanie błędów artefaktycznych w jednym produkcie. Najbardziej bezpośrednie podejście, analiza produktów PCR z odwrotną transkryptazą obejmujących cały transkrypt BRCA1, była komplikowana przez niski poziom ekspresji mRNA BRCA1 w jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej i przez alternatywne splicing mRNA na końcu 5 transkryptu. Warunki były zatem optymalne do analizy sekwencjonowania za pomocą szablonów pochodzących z amplifikacji PCR zarówno genomowego DNA, jak i cDNA. Koniec 5 BRCA1 (eksony 2 do 5, 7 do 10 oraz 13 i 14) amplifikowano z genomowego DNA ze starterami komplementarnymi do sekwencji intronów flankujących każdy ekson. Te eksony nie mogą być z powodzeniem sekwencjonowane z cDNA jako pojedynczego fragmentu z powodu rozległego alternatywnego składania transkryptu BRCA1 w jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej (alternatywne składanie eksonów 5, 9 i 10 oraz alternatywne zastosowanie połączeń splicingowych w eksonach 8 i 14 ). Exon 6 amplifikowano z cDNA, ponieważ flankujące sekwencje intronowe nie były optymalne do analizy z genomowego DNA; początkową PCR z odwrotną transkryptazą obejmującą egzony od 2 do 11 następowała zagnieżdżona PCR zawierająca ekson 6. Ekson 11 amplifikowano w 12 zachodzących na siebie fragmentach z genomowego DNA, jak następuje: 11A, od sekwencji intronowej przez nukleotyd 939; 11B, nukleotydy od 871 do 1251; 11C, nukleotydy 1193 do 1537; 11D, nukleotydy 1480 do 1850; 11E, nukleotydy 1769 do 2134; 11F, nukleotydy 2077 do 2438; 11G, nukleotydy 2358 do 2759; 11H, nukleotydy 2667 do 3012; 11I, nukleotydy 2944 do 3299; 11J, nukleotydy od 3233 do 3590; 11K, nukleotydy od 3533 do 3907; i 11L, nukleotyd 3820 przez sekwencję intronową. Egzony 12 i 13 amplifikowano indywidualnie z genomowego DNA ze starterami komplementarnymi do intronów flankujących. Koniec 3 BRCA1 (eksonów 13 do 24) analizowano przez amplifikację PCR odwrotnej transkryptazy. Zastosowano początkową PCR z odwrotną transkryptazą obejmującą egzony od 12 do 24, a następnie zagnieżdżoną PCR, która wytworzyła cztery zachodzące na siebie fragmenty obejmujące egzony 13 do 16, 15 do 18, 17 do 22 i 21 do 24. Wszystkie produkty PCR oczyszczono przez elektroforezę na 2% agarozie o niskiej temperaturze topnienia (FMC), a odpowiednie fragmenty wyekstrahowano przez inkubację w 65 ° C i traktowanie U agarazy (Sigma). Sekwencjonowanie cykli za pomocą polimerazy Taq i terminatorów dideoksy znakowanych barwnikiem przeprowadzono zgodnie z instrukcjami producenta. Produkty reakcji analizowano za pomocą sekwenatora DNA, a pliki sekwencji edytowano za pomocą programu Factura (Applied Biosystems). Pozycje bazowe z wtórnym pikiem co najmniej w połowie wysokości głównego piku oznaczono za pomocą kodów degeneracji Międzynarodowej Unii Biochemii. Dla każdego fragmentu PCR, pliki sekwencji sensownej i antysensownej przetwarzane przez Factura dopasowywano do sekwencji BRCA1 typu dzikiego za pomocą programu Sequence Navigator (Applied Biosystems). Sekwencje starterów i warunki PCR zostały dostosowane w celu zapewnienia optymalnej rozdzielczości dla zautomatyzowanej analizy sekwencyjnej (ta informacja jest dostępna w bazie danych Core Cancer Information Core)
[podobne: mikrus gorzów, sonopan, balmarq ]

Tags: , ,

No Responses to “Mutacje BRCA1 w linii germańskiej u kobiet żydowskich i nieżydowskich z rakiem piersi o wczesnym początku czesc 4”

  1. Małgorzata Says:

    [..] Odniesienie w tekscie do praca dla dentysty[...]

  2. Krzysztof Says:

    Polecono mi fototerapię

  3. Dredd Says:

    Article marked with the noticed of: ćwiczenia[...]

  4. Nataniel Says:

    Wątrobę należy trenować, jak każdy inny narząd.

  5. Blanka Says:

    Article marked with the noticed of: implanty poznań[...]

  6. Julian Says:

    Chcialoby sie w to wierzyc

Powiązane tematy z artykułem: balmarq mikrus gorzów sonopan